1. Programul național de supraveghere și control al bolilor infecțioase;

2. Programul național de imunizări;

3. Programul național de supraveghere și control al tuberculozei;

4. Programul național de supraveghere și control al infecției HIV/SIDA;

5. Programul național de prevenire și control al bolilor venerice;

6. Programul național de prevenire și control al infecțiilor nosocomiale (intraspitalicești);

7. Programul național de transfuziologie și hematologie transfuzională;

8. Programul național de prevenire și control al toxicomaniei și patologia indusă;

9. Programul național de acțiune pentru mediu și sănătate (impactul factorilor de risc din mediu);

10. Programul național de supraveghere a stării de sănătate în colectivități de copii și adolescenți;

11. Programul național de supraveghere a factorilor de risc din mediul de muncă și de risc profesional;

12. Programul național de planificare familială și de protecție a stării de sănătate a mamei și copilului;

13. Programul național de sănătate mintală și profilaxie în patologia psihiatrică și psihosocială;

14. Programul național de prevenție geriatrică/gerontologică și protecția vârstnicului;

15. Programul național de profilaxie și control pentru bolile cardiovasculare medicale și chirurgicale;

16. Programul național de prevenție în patologia nefrologică și dializa renală/transplant renal;

17. Programul național de prevenție și control în patologia oncologică și transplant medular;

18. Programul național de prevenție în talasemie, hemofilie și alte hemopatii;

19. Programul național de prevenție și control în diabet și alte boli de nutriție;

20. Programul național de ortopedie preventivă și recuperatori e;

21. Programul național de prevenție în patologia endocrină;

22. Programul național de prevenție stomatologică;

23. Programul național de susținere a centrelor naționale de referință pentru laborator;

24. Programul național de standardizare a serviciilor medicale în sănătatea publică;

25. Programul național de educație pentru sănătate;

26. Programul național de evaluare a stării de sănătate a populației și supraveghere demografică;

27. Programul național de perfecționare profesională continuă și strategia resurselor umane;

28. Programul național de prevenție și recuperare în neurologie;

29. Programul național de reabilitare a serviciilor de urgență prespitalicească;

30. Programul național de acreditare a unităților medicale de sănătate publică și servicii de interes național;

31. Profilaxia și recuperarea balneo-fizio-climatologică.